Каре на удлинение с асимметрией (63 фото)
1
Лонг Боб стрижка
2
Стрижка асимметричное каре с челкой углом
3
Удлиненное Боб каре на одну сторону
4
Асимметричный Боб каре на средние волосы
5
Ассиметричное Боб каре
6
Скошенное каре на средние волосы
7
Асимметричный Боб каре с удлинением с розовым оттенком
8
Удлиненное каре с асимметрией
9
Асимметричная стрижка длинные волосы цветные
10
Рианна с каре фото
11
Модные стрижки каре 2021 на средние волосы
12
Любовь Аксенова мажор
13
Укороченное ассиметричное Боб каре
14
Темно рыжие волосы каре
15
Карэ удлиненное каре стрижки модные 2020
16
Удлиненный Боб каре асимметрия
17
Каре на русые волосы без челки
18
Удлиненный Боб каре асимметрия
19
Удлиненное каре с асимметрией
20
Стрижка асимметричное каре
21
Стрижка каре Рита Ора
22
Асимметричное каре с удлиненными прядями
23
Лонг Боб с удлиненной челкой
24
Ассиметричные стрижки на длинные волосы
25
Каре ассиметрическое стрижка
26
Боб-каре ассиметричное на средние волосы
27
Прически с удлиненным каре
28
Стрижка Боб каре колорирование
29
Стрижка каре с углом
30
Боб каре асимметрия темные волосы
31
Карэ удлиненное каре Боб
32
Асимметричное удлиненное Боб каре
33
Удлинённое каре асимметрия
34
Каре стрижка каретассиметрия
35
Стрижка Боб каре с челкой ассиметрия
36
Боб каре асимметрия удлиненное
37
Удлиненное каре асимметрия без челки
38
Ассиметричное каре блонд
39
Боб каре асимметрия удлиненное
40
Удлинённый Боб с чёлкой асимметрия
41
Каре на одну сторону длиннее
42
Стрижка ассиметричный Боб на средние волосы
43
Стрижка асимметрия каре удлиненное
44
Стрижка Боб каре с удлиненными прядями
45
Карэ удлиненное каре стрижки
46
Асимметричный Боб каре с удлинением с челкой
47
Асимметричное каре рыжие
48
Каре-Боб асимметрия передними прядями
49
Ассиметричные стрижки на средние волосы
50
Юлия Кукушкина
51
Стрижка каре асимметрия с челкой
52
Стрижка асимметричный Боб на средние волосы
53
Стрижка удлиненное каре с челкой на средние волосы
54
Каре асимметрия 2021
55
Асимметричное каре Аксенова мажор
56
Прически на асимметричное каре
57
Асимметричный Лонг Боб
58
Удлиненный Боб
59
Стрижки под каре без челки
60
Боб каре асимметрия
61
Деметриус стрижки Боб каре
62
Рианна асимметричное каре
63
Каре асимметрия Аксенова
Удлинённое каре асимметрия (64 фото)
1
Каре с удлинением на одну сторону
2
Удлинённый Боб с асимметрией
3
Удлиненный Боб
4
Лонг Боб стрижка
5
Асимметричный Лонг Боб
6
Асимметричная стрижка каре Боб Рианна
7
Удлиненное асимметричное каре без челки
8
Стрижка асимметричное Боб каре на темные волосы
9
Удлиненный Боб каре асимметрия
10
Асимметричное каре на длинные волосы
11
Рита Ора с короткой стрижкой
12
Каре на удлинение черные волосы
13
Ассиметричный Боб черные волосы
14
Стрижка удлиненное каре на одну сторону
15
Стрижка удлиненное асимметричное каре
16
Асимметричный Боб каре
17
Любовь Аксенова каре мажор
18
Ассиметричное Боб каре
19
Рианна асимметричное каре
20
Боб каре асимметрия темные волосы
21
Асимметричное каре на темные волосы
22
Удлиненное скошенное каре
23
Боб каре асимметрия удлиненное
24
Стрижка градуированный Боб с удлиненной челкой
25
Каре асимметрия Аксенова
26
Длинный Боб стрижка
27
Удлиненное каре с асимметрией
28
Стрижка Боб
29
Удлиненное каре Деметриус
30
Удлиненное каре с асимметрией
31
Стрижка ассиметричная на средние волосы
32
Асимметричная стрижка на средние волосы
33
Шейда каре
34
Стрижка Боб каре без челки
35
Асимметричная стрижка на длинные волосы с челкой
36
Удлиненное каре асимметрия с челкой
37
Прическа Боб каре асимметрия
38
Удлиненное каре с асимметрией
39
Удлиненный Боб с асимметрией
40
Асимметричное каре рыжие
41
Асимметричное каре Аксенова
42
Асимметричный Боб каре с удлинением с челкой
43
Удлиненное каре с ассиметричной челкой
44
Боб-каре ассиметричное на средние волосы
45
Удлиненное каре рыжие волосы
46
Удлиненное каре с асимметрией
47
Каре Блант Боб 2020 брюнетка
48
Удлинëнное ассиметричное каре
49
Боб каре асимметрия удлиненное
50
51
Прическа каре на одну сторону
52
Удлинённое каре асимметрия
53
Боб каре асимметрия удлиненное
54
Асимметричный Боб-каре с удлиненными прядями
55
Асимметричный Лонг Боб
56
Боб-каре с удлинением
57
Боб каре асимметрия на средние волосы
58
Асимметричное каре на бок
59
Прическа длинное каре с углом
60
Боб каре асимметрия
61
Любовь Аксенова стрижка в мажоре
62
Стрижки женские на средние волосы с челкой асимметрия
63
Каре асимметрия Аксенова
64
Рианна с каре фото
Разрешение быстрых и медленных движений во внутренней петле, содержащей стебель-петлю 1 ВИЧ-1, которые модулируются связыванием Mg2+: роль в структурном переходе «поцелуй-дуплекс»
1.
Darlix JL, Gabus C, Nugeyre MT, Clavel F, Барре-Синусси Ф. Цис-элементы и транс-действующие факторы, участвующие в димеризации РНК вируса иммунодефицита человека ВИЧ-1. Дж. Мол. биол. 1990; 216: 689–699. [PubMed] [Google Scholar]
2. Marquet R, Baudin F, Gabus C, Darlix JL, Mougel M, Ehresmann C, Ehresmann B. Димеризация РНК вируса иммунодефицита человека (тип 1): стимуляция катионами и возможный механизм. Нуклеиновые Кислоты Res. 1991;19:2349–2357. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
3. Paillart JC, Shehu-Xhilaga M, Marquet R, Mak J. Димеризация геномов ретровирусной РНК: неразделимая пара. Нац. Преподобный Микробиолог. 2004; 2: 461–472. [PubMed] [Google Scholar]
4. Д’Суза В., Саммерс М.Ф. Как ретровирусы выбирают свои геномы. Нац. Преподобный Микробиолог. 2005; 3: 643–655. [PubMed] [Google Scholar]
5. Хоглунд С., Охаген А., Гонсалвес Дж., Панганибан А.Т., Габузда Д. Ультраструктура геномной РНК ВИЧ-1. Вирусология. 1997;233:271–279. [PubMed] [Google Scholar]
6.
Laughrea M, Jette L. 19-нуклеотидная последовательность перед 5′-мажорным донором сплайсинга является частью домена димеризации геномной РНК вируса иммунодефицита человека-1. Биохимия. 1994; 33:13464–13474. [PubMed] [Google Scholar]
7. Skripkin E, Paillart JC, Marquet R, Ehresmann B, Ehresmann C. Идентификация первичного сайта димеризации РНК вируса иммунодефицита человека типа 1 in vitro. проц. Натл. акад. науч. США 1994;91:4945–4949. [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar]
8. Berkhout B. Структура и функция лидерной РНК вируса иммунодефицита человека. прог. Нуклеиновая Кислота Рез. Мол. биол. 1996; 54:1–34. [PubMed] [Google Scholar]
9. Berkhout B, van Wamel JL. Лидер генома РНК ВИЧ-1 образует компактно свернутую третичную структуру. РНК. 2000; 6: 282–295. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
10. Paillart JC, Marquet R, Skripkin E, Ehresmann C, Ehresmann B. Димеризация ретровирусных геномных РНК: структурные и функциональные последствия.
Биохимия. 1996;78:639–653. [PubMed] [Google Scholar]
11. Fu W, Rein A. Созревание димерной вирусной РНК вируса мышиного лейкоза Молони. Дж. Вирол. 1993; 67: 5443–5449. [Статья бесплатно PMC] [PubMed] [Google Scholar]
12. Fu W, Gorelick RJ, Rein A. Характеристика димерной РНК вируса иммунодефицита человека типа 1 из вирионов дикого типа и дефектных по протеазе. Дж. Вирол. 1994; 68: 5013–5018. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
13. Shehu-Xhilaga M, Kraeusslich HG, Pettit S, Swanstrom R, Lee JY, Marshall JA, Crowe SM, Mak J. Протеолитическая обработка расщепления p2/нуклеокапсида сайт имеет решающее значение для созревания димера РНК вируса иммунодефицита человека типа 1. Дж. Вирол. 2001;75:9156–9164. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
14. Liang C, Rong L, Quan Y, Laughrea M, Kleiman L, Wainberg MA. Мутации в четырех различных белках gag необходимы для восстановления репликации вируса иммунодефицита человека типа 1 после делеционного мутагенеза в месте инициации димеризации.
Дж. Вирол. 1999;73:7014–7020. [Статья бесплатно PMC] [PubMed] [Google Scholar]
15. Sheng N, Erickson-Viitanen S. Расщепление белка p15 in vitro протеазой вируса иммунодефицита человека типа 1 зависит от РНК. Дж. Вирол. 1994;68:6207–6214. [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar]
16. Sheng N, Pettit SC, Tritch RJ, Ozturk DH, Rayner MM, Swanstrom R, Erickson-Viitanen S. Детерминанты вируса иммунодефицита человека типа 1 p15NC-RNA взаимодействия, которые влияют на усиленное расщепление вирусной протеазой. Дж. Вирол. 1997; 71: 5723–5732. [Статья бесплатно PMC] [PubMed] [Google Scholar]
17. Muriaux D, De Rocquigny H, Roques BP, Paoletti J, Fosse P. NCp7 активирует димеризацию РНК ВИЧ-1Lai, превращая временный комплекс петля-петля в стабильный. димер Комплекс целования вместе со стабильным димером участвует в процессе димеризации РНК ВИЧ-1Lai in vitro . Дж. Биол. хим. 1996; 271:33686–33692. [PubMed] [Google Scholar]
18. Feng YX, Copeland TD, Henderson LE, Gorelick RJ, Bosche WJ, Levin JG, Rein A.
Нуклеокапсидный белок ВИЧ-1 индуцирует «созревание» димерной ретровирусной РНК in vitro . проц. Натл. акад. науч. США, 1996; 93:7577–7581. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
19. Fosse P, Motte N, Roumier A, Gabus C, Muriaux D, Darlix JL, Paoletti J. Короткая аутокомплементарная последовательность играет важную роль при саркоме-лейкозе птиц. димеризация вирусной РНК. Биохимия. 1996;35:16601–16609. [PubMed] [Google Scholar]
20. Theilleux-Delalande V, Girard F, Huynh-Dinh T, Lancelot G, Paoletti J. Димеризация РНК ВИЧ-1 (Lai). Термодинамические параметры, связанные с переходом от комплекса поцелуев к расширенному димеру. Евро. Дж. Биохим. 2000; 267:2711–2719. [PubMed] [Google Scholar]
21. Takahashi K, Baba S, Hayashi Y, Koyanagi Y, Yamamoto N, Takaku H, Kawai G. ЯМР-анализ внутри- и межмолекулярных стеблей в месте инициации димеризации ВИЧ. -1 геном. Дж. Биохим. (Токио) 2000; 127:681–686. [PubMed] [Академия Google]
22. Takahashi KI, Baba S, Chattopadhyay P, Koyanagi Y, Yamamoto N, Takaku H, Kawai G.
Структурные требования для двухэтапной димеризации генома вируса иммунодефицита человека типа 1. РНК. 2000; 6: 96–102. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
23. Rist MJ, Marino JP. Механизм катализируемой нуклеокапсидным белком структурной изомеризации сайта инициации димеризации ВИЧ-1. Биохимия. 2002;41:14762–14770. [PubMed] [Google Scholar]
24. Виндбихлер Н., Вернер М., Шредер Р. Комплексная димеризация РНК ВИЧ-1, опосредованная комплексом поцелуев: связывание образования расширенного дуплекса с расщеплением рибозима. Нуклеиновые Кислоты Res. 2003;31:6419–6427. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
25. Aci S, Mazier S, Genest D. Конформационный путь для комплекса поцелуев —> расширенный димерный переход ствола-петли SL1 от геномной РНК ВИЧ-1, как наблюдалось целенаправленными методами молекулярной динамики. Дж. Мол. биол. 2005; 351: 520–530. [PubMed] [Google Scholar]
26. Ennifar E, Walter P, Ehresmann B, Ehresmann C, Dumas P.
Кристаллические структуры коаксиально уложенных комплексов поцелуев сайта инициации димеризации РНК ВИЧ-1. Нац. Структура биол. 2001; 8: 1064–1068. [PubMed] [Академия Google]
27. Ooms M, Huthoff H, Russell R, Liang C, Berkhout B. Рибопереключатель регулирует димеризацию и упаковку РНК в вирионах вируса иммунодефицита человека типа 1. Дж. Вирол. 2004; 78:10814–10819. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
28. Huthoff H, Berkhout B. Две чередующиеся структуры лидерной РНК ВИЧ-1. РНК. 2001; 7: 143–157. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
29. Abbink TE, Ooms M, Haasnoot PC, Berkhout B. Конформационный переключатель лидерной РНК ВИЧ-1 регулирует димеризацию РНК, но не регулирует трансляцию мРНК. Биохимия. 2005;44:9058–9066. [PubMed] [Google Scholar]
30. Де Гусман Р.Н., Ву З.Р., Столлинг К.С., Паппалардо Л., Бурер П.Н., Саммерс М.Ф. Структура нуклеокапсидного белка ВИЧ-1, связанного с элементом распознавания SL3 psi-РНК. Наука. 1998; 279: 384–388.
[PubMed] [Google Scholar]
31. Амарасингхе Г.К., Де Гусман Р.Н., Тернер Р.Б., Канцлер К.Дж., Ву З.Р., Саммерс М.Ф. ЯМР-структура нуклеокапсидного белка ВИЧ-1, связанного со стволовой петлей SL2 сигнала упаковки пси-РНК. Последствия для распознавания генома. Дж. Мол. биол. 2000;301:491–511. [PubMed] [Google Scholar]
32. Clever JL, Parslow TG. Мутантные геномы вируса иммунодефицита человека типа 1 с дефектами димеризации или капсидирования РНК. Дж. Вирол. 1997;71:3407–3414. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
33. Clever J, Sassetti C, Parslow TG. Вторичная структура РНК и сайты связывания продуктов гена gag в сигнале упаковки 5′ вируса иммунодефицита человека типа 1. J. Virol. 1995;69:2101–2109. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
34. Damgaard CK, Dyhr-Mikkelsen H, Kjems J. Картирование сайтов связывания РНК для gag вируса иммунодефицита человека типа 1 и белков NC в полных нетранслируемых лидерных областях ВИЧ-1 и -2. Нуклеиновые Кислоты Res.
1998; 26:3667–3676. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
35. Шубсда М.Ф., Паолетти А.С., Хадсон Б.С., Борер П.Н. Сродство петель упаковочного домена в РНК ВИЧ-1 к белку нуклеокапсида. Биохимия. 2002; 41: 5276–5282. [PubMed] [Академия Google]
36. Mirambeau G, Lyonnais S, Coulaud D, Hameau L, Lafosse S, Jeusset J, Justome A, Delain E, Gorelick RJ, et al. Трансмиссионная электронная микроскопия выявляет оптимальную агрегацию нуклеокапсида ВИЧ-1 с одноцепочечными нуклеиновыми кислотами и зрелым белком нуклеокапсида ВИЧ-1. Дж. Мол. биол. 2006; 364: 496–511. [PubMed] [Google Scholar]
37. Greatorex J, Gallego J, Varani G, Lever A. Структура и стабильность внутренних петель РНК дикого типа и мутантных РНК из домена SL-1 упаковочного сигнала ВИЧ-1. Дж. Мол. биол. 2002; 322: 543–557. [PubMed] [Академия Google]
38. Лоуренс Д.С., Стовер К.С., Нозницкий Дж., Ву З., Саммерс М.Ф. Структура интактного стебля и выпуклости стебля-петли SL1 пси-РНК ВИЧ-1. Дж.
Мол. биол. 2003; 326: 529–542. [PubMed] [Google Scholar]
39. Yuan Y, Kerwood DJ, Paoletti AC, Shubsda MF, Borer PN. Стержень РНК SL1 в ВИЧ-1: структура и связывание белка нуклеокапсида для внутренней петли 1 × 3. Биохимия. 2003; 42: 5259–5269. [PubMed] [Google Scholar]
40. Baba S, Takahashi K, Noguchi S, Takaku H, Koyanagi Y, Yamamoto N, Kawai G. Растворные РНК-структуры сайта инициации димеризации ВИЧ-1 в петле поцелуя и расширенной -дуплексные димеры. Дж. Биохим. (Токио) 2005; 138: 583–59.2. [PubMed] [Google Scholar]
41. Ульянов Н.Б., Муджиб А., Ду З., Тонелли М., Парслоу Т.Г., Джеймс Т.Л. ЯМР-структура полноразмерного линейного димера РНК «стебель-петля-1» в сайте инициации димера ВИЧ-1. Дж. Биол. хим. 2006; 281:16168–16177. [PubMed] [Google Scholar]
42. Реблова К., Спакова Н., Спонер Дж. Э., Кока Дж., Спонер Дж. Молекулярно-динамическое моделирование мотивов петли поцелуев РНК выявляет структурную динамику и образование катион-связывающих карманов.
Нуклеиновые Кислоты Res. 2003; 31: 6942–6952. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
43. Beaurain F, Laguerre M. Исследования DIS/DIS комплексного решения и рентгеновских структур. Олигонуклеотиды. 2003; 13: 501–514. [PubMed] [Google Scholar]
44. Ennifar E, Dumas P. Полиморфизм выпуклых остатков в комплексе поцелуев DIS РНК ВИЧ-1 и сравнение структуры с исследованиями растворов. Дж. Мол. биол. 2006; 356: 771–782. [PubMed] [Google Scholar]
45. Aci S, Gangneux L, Paoletti J, Genest D. О стабильности различных экспериментальных димерных структур последовательности SL1 из геномной РНК ВИЧ-1 в растворе: молекулярно-динамическое моделирование и электрофорезное исследование. Биополимеры. 2004; 74: 177–188. [PubMed] [Академия Google]
46. Михайлеску М.Р., Марино Дж.П. Динамический конформационный переключатель, связанный с протоном, в комплексе поцелуя сайта инициации димеризации ВИЧ-1. проц. Натл. акад. науч. США 2004; 101:1189–1194. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
47.
Tolman JR, Flanagan JM, Kennedy MA, Prestegard JH. Ядерно-магнитные дипольные взаимодействия в белках, ориентированных на поле — информация для определения структуры в растворе. проц. Натл. акад. науч. США, 1995; 92:9279–9283. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
48. Tjandra N, Bax A. Прямое измерение расстояний и углов в биомолекулах методом ЯМР в разбавленной жидкокристаллической среде. Наука. 1997; 278:1111–1114. [PubMed] [Google Scholar]
49. Zhang Q, Sun X, Watt ED, Al-Hashimi HM. Разрешение двигательных режимов, кодирующих адаптацию РНК. Наука. 2006; 311: 653–656. [PubMed] [Google Scholar]
50. Хансен М.Р., Мюллер Л., Парди А. Настраиваемое выравнивание макромолекул нитчатым фагом дает диполярное связывающее взаимодействие. Нац. Структура биол. 1998;5:1065–1074. [PubMed] [Google Scholar]
51. Clore GM, Starich MR, Gronenborn AM. Измерение остаточных дипольных взаимодействий макромолекул, ориентированных в нематической фазе коллоидной суспензии палочковидных вирусов.
Варенье. хим. соц. 1998; 120:10571–10572. [Google Scholar]
52. Делаглио Ф., Гжесик С., Вуйстер Г.В., Чжу Г., Пфайфер Дж., Бакс А. Nmrpipe — система многомерной спектральной обработки на основе unix-конвейеров. Дж. Биомол. ЯМР. 1995; 6: 277–293. [PubMed] [Академия Google]
53. Джонсон Б.А., Блевинс Р.А. NMR view – компьютерная программа для визуализации и анализа данных ЯМР. Дж. Биомол. ЯМР. 1994; 4: 603–614. [PubMed] [Google Scholar]
54. Goddard TD, Kneller DG. СПАРКИ 3. Сан-Франциско: Калифорнийский университет; [Google Scholar]
55. Furtig B, Richter C, Wohnert J, Schwalbe H. ЯМР-спектроскопия РНК. Химбиохим. 2003; 4: 936–962. [PubMed] [Google Scholar]
56. Meissner A, Duus JO, Sorensen OW. Избирательное возбуждение по спиновому состоянию. Приложение для измерения констант связи J(HH) по типу E.COSY. Дж. Магн. Резон. 1997;128:92–97. [Google Scholar]
57. Мейснер А., Соренсен О.В. Роль эффективности передачи когерентности в планировании многомерных ЯМР-экспериментов типа TROSY.
Дж. Магн. Резон. 1999; 139: 439–442. [PubMed] [Google Scholar]
58. Питт С.В., Маджумдар А., Серганов А., Патель Д.Дж., Аль-Хашими Х.М. Связывание аргининамида останавливает глобальные движения в РНК TAR ВИЧ-1: сравнение с конформационной стабилизацией, индуцированной Mg 2+ . Дж. Мол. биол. 2004; 338:7–16. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
59. Ип Г.Н., Зуйдервег Э.Р. Схема фазового цикла, которая значительно подавляет артефакты, зависящие от смещения, в эксперименте по релаксации R2-CPMG 15N. Дж. Магн. Резон. 2004; 171: 25–36. [PubMed] [Google Scholar]
60. Yip GN, Zuiderweg ER. Улучшение компенсации нагрева рабочего цикла в экспериментах по спиновой релаксации ЯМР. Дж. Магн. Резон. 2005; 176: 171–178. [PubMed] [Google Scholar]
61. Saupe A, Englert G. Спектры ядерного магнитного резонанса высокого разрешения ориентированных молекул. физ. Преподобный Летт. 1963;11:462–464. [Google Scholar]
62. Лозонци Дж.А., Андрек М.
, Фишер М.В.Ф., Престегард Дж.Х. Заказать матричный анализ остаточных дипольных взаимодействий с использованием разложения по сингулярным числам. Дж. Магн. Резон. 1999; 138: 334–342. [PubMed] [Google Scholar]
63. Аль-Хашими Х.М., Госсер Ю., Горин А., Ху В., Маджумдар А., Патель Д.Дж. Согласованные движения в РНК TAR ВИЧ-1 могут обеспечить доступ к конформациям связанного состояния: динамика РНК из остаточных диполярных связей ЯМР. Дж. Мол. биол. 2002; 315: 95–102. [PubMed] [Академия Google]
64. Хансен А.Л., Аль-Хашими Х.М. Понимание тензоров CSA атомов углерода азотистых оснований в полинуклеотидах РНК на основе измерений остаточного CSA в растворе: к новым ориентационным ограничениям дальнего действия. Дж. Магн. Резон. 2006; 179: 299–307. [PubMed] [Google Scholar]
65. Массельман С., Питт С.В., Гулати К., Фостер Л.Л., Андрисиоай И., Аль-Хашими Х.М. Влияние статической и динамической гетерогенности а-формы на определение глобальной структурной динамики РНК с использованием остаточных диполярных взаимодействий ЯМР.
Дж. Биомол. ЯМР. 2006; 36: 235–249.. [PubMed] [Google Scholar]
66. Аль-Хашими Х.М., Валафар Х., Террелл М., Зартлер Э.Р., Эйдснесс М.К., Престегард Д.Х. Изменение молекулярного выравнивания как средство разрешения неоднозначности ориентации в белковых структурах из-за диполярных связей. Дж. Магн. Резон. 2000; 143:402–406. [PubMed] [Google Scholar]
67. Zweckstetter M, Bax A. Предсказание стерически индуцированного выравнивания в разбавленной жидкокристаллической фазе; помощь в определении структуры белка с помощью ЯМР. Варенье. хим. соц. 2000;122:3791–3792. [Google Scholar]
68. Чжан К., Трулин Р., Питт С.В., Серганов А., Аль-Хашими Х.М. Зондирование движений между эквивалентными доменами РНК с использованием индуцированных магнитным полем остаточных диполярных взаимодействий: учет корреляций между движениями и выравниванием. Варенье. хим. соц. 2003; 125:10530–10531. [PubMed] [Google Scholar]
69. Липари Г., Сабо А. Немодальный подход к интерпретации релаксации ядерного магнитного резонанса в макромолекулах.
1. Теория и область действия. Варенье. хим. соц. 1982;104:4546–4559. [Google Scholar]
70. Clore GM, Szabo A, Bax A, Kay LE, Driscoll PC, Gronenborn AM. Отклонения от простого двухпараметрического безмодельного подхода к интерпретации ядерной магнитной релаксации белков азотом-15. Варенье. хим. соц. 1990; 112:4989–4991. [Google Scholar]
71. Мандель А.М., Акке М., Палмер А.Г. Динамика скелета рибонуклеазы Hi Escherichia-coli — корреляции со структурой и функцией активного фермента. Дж. Мол. биол. 1995; 246: 144–163. [PubMed] [Академия Google]
72. Гарсия де ла Торре Дж., Уэртас М.Л., Карраско Б. HYDRONMR: предсказание ЯМР-релаксации глобулярных белков по структурам атомного уровня и гидродинамическим расчетам. Дж. Магн. Резон. 2000; 147: 138–146. [PubMed] [Google Scholar]
73. Gonzalez RLJ, Tinoco IJ. Структура раствора и термодинамика сайта связывания иона двухвалентного металла в псевдоузле РНК. Дж. Мол. биол. 1999; 289:1267–1282. [PubMed] [Google Scholar]
74.
Dingley AJ, Grzesiek S. Прямое наблюдение водородных связей в парах оснований нуклеиновых кислот с помощью межнуклеотидных (2)J(NN) связей. Варенье. хим. соц. 1998;120:8293–8297. [Google Scholar]
75. Первушин К., Оно А., Фернандес С., Шиперски Т., Кайношо М., Вутрих К. Масштабирующие связи ЯМР через водородные связи пар оснований Уотсона-Крика в ДНК, наблюдаемые с помощью спектроскопии, оптимизированной для поперечной релаксации. проц. Натл. акад. науч. США, 1998; 95:14147–14151. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
76. Latham MP, Brown DJ, McCallum SA, Pardi A. Методы ЯМР для изучения структуры и динамики РНК. Химбиохим. 2005; 6: 1492–1505. [PubMed] [Академия Google]
77. Аль-Хашими Х.М. Динамическое усиление функции РНК и ее характеристика с помощью ЯМР-спектроскопии. Химбиохим. 2005; 6: 1506–1519. [PubMed] [Google Scholar]
78. Саупе А. Недавние результаты в области жидких кристаллов. Ангью. хим. Междунар. Эд. англ. 1968; 7: 97–112. [Google Scholar]
79.
Толман Дж. Р., Аль-Хашими Х. М., Кей Л. Е., Престегард Дж. Х. Структурный и динамический анализ данных об остаточной диполярной связи для белков. Варенье. хим. соц. 2001; 123:1416–1424. [PubMed] [Академия Google]
80. Mollova ET, Hansen MR, Pardi A. Глобальная структура РНК, определяемая остаточными диполярными связями. Варенье. хим. соц. 2000; 122:11561–11562. [Google Scholar]
81. Сибилль Н., Парди А., Симорре Дж. П., Блэкледж М. Уточнение локального и дальнего структурного порядка в теофиллин-связывающей РНК с использованием остаточных диполярных связей C-13-H-1 и ограниченной молекулярной динамики. Варенье. хим. соц. 2001; 123:12135–12146. [PubMed] [Google Scholar]
82. Getz M, Andrews AJ, Fierke CA, Al-Hashimi HM. Структурная пластичность и Mg 2+ связывающие свойства РНКазы P P4 из комбинированного анализа остаточных диполярных взаимодействий ЯМР и спиновой релаксации с развязкой по движению. РНК. 2006; 13: 251–266. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
83.
Pitt SW, Zhang Q, Patel DJ, Al-Hashimi HM. Доказательства того, что электростатические взаимодействия диктуют лиганд-индуцированную остановку глобальной гибкости РНК. Ангью. хим. Междунар. Эд. англ. 2005;44:3412–3415. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
84. Аль-Хашими Х.М., Питт С.В., Маджумдар А., Сюй В., Патель Д.Дж. мг 2+ -индуцированные вариации в конформации и динамике TAR РНК ВИЧ-1, исследованные с использованием остаточных диполярных взаимодействий ЯМР. Дж. Мол. биол. 2003; 329: 867–873. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
85. Tolman JR, Al-Hashimi HM. В: Энн. Представитель ЯМР. Спец. Уэбб Г.А., редактор. Том. 51. Академическая пресса; 2003. С. 105–166. [Google Scholar]
86. Clever JL, Wong ML, Parslow TG. Требования к опосредованной петлей поцелуя димеризации РНК вируса иммунодефицита человека. Дж. Вирол. 1996;70:5902–5908. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
87. Tolman JR, Flanagan JM, Kennedy MA, Prestegard JH.
Данные ЯМР о медленных коллективных движениях цианометмиоглобина. Нац. Структура биол. 1997; 4: 292–297. [PubMed] [Google Scholar]
88. Takahashi K, Baba S, Koyanagi Y, Yamamoto N, Takaku H, Kawai G. Две основные области NCp7 достаточны для конформационного преобразования сайта инициации димеризации ВИЧ-1 из петли поцелуев. димера в расширенный дуплексный димер. Дж. Биол. хим. 2001; 276:31274–31278. [PubMed] [Академия Google]
89. Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI, Gould IR, Merz KM, Ferguson DM, Spellmeyer DC, Fox T, Caldwell JW, et al. Силовое поле 2-го поколения для моделирования белков, нуклеиновых кислот и органических молекул. Варенье. хим. соц. 1995; 117: 5179–5197. [Google Scholar]
90. Чин К., Шарп К.А., Хониг Б., Пайл А.М. Расчет электростатических свойств РНК позволяет по-новому взглянуть на молекулярные взаимодействия и функции. Нац. Структура биол. 1999; 6: 1055–1061. [PubMed] [Академия Google]
91. Николлс А., Шарп К., Хониг Б. Сворачивание и ассоциация белков: понимание межфазных и термодинамических свойств углеводородов.
Белки. 1991; 11: 281–296. [PubMed] [Google Scholar]
Определение положения и эффективности начала репликации ДНК человека раскрывает принципы организации зоны инициации
1.
Ганье О., Пророк П., Акерман И., Мечали М. Начало репликации ДНК многоклеточных животных. Курс. мнение Клеточная биол. 2019; 58:134–141. [PubMed] [Академия Google]
2.
Хириен О. Пики, окутанные туманом: ландшафт происхождения репликации млекопитающих. Дж. Клеточная биология. 2015 г.; 208:147–160. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
3.
Хэмлин Дж.Л., Меснер Л.Д., Дийквел П.А. Извилистая дорога к открытию происхождения. Хромосомный Рез. 2010 г.; 18:45–61. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
4.
Хуберман Дж. А., Риггс А. Д. О механизме репликации ДНК в хромосомах млекопитающих. Дж. Мол. биол. 1968 год; 32:327–341. [PubMed] [Академия Google]
5.
Хайнц Н.Х., Хэмлин Дж.Л. Амплифицированная хромосомная последовательность, включающая ген дигидрофолатредуктазы, инициирует репликацию в определенных фрагментах рестрикции.
проц. Натл. акад. науч. США 1982; 79:4083–4087. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
6.
Кадоре Дж.К., Мейш Ф., Хассан-Заде В., Луйтен И., Гийе К., Дюре Л., Кеневиль Х., Приоло М.Н. Полногеномные исследования подчеркивают косвенные связи между происхождением репликации человека и регуляцией генов. проц. Натл. акад. науч. США, 2008 г.; 105:15837–15842. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
7.
Лобри Дж. Р. Асимметричные паттерны замещения в двух цепях ДНК бактерий. Мол. биол. Эвол. 1996 год; 13:660–665. [PubMed] [Google Scholar]
8.
Мразек Дж., Карлин С. Композиционная асимметрия нитей в геномах бактерий и крупных вирусов. проц. Натл. акад. науч. США, 1998 г.; 95:3720–3725. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
9.
Тиллер Э.Р., Коллинз Р.А. Вклад ориентации репликации, направления генов и сигнальных последовательностей в асимметрию состава оснований в бактериальных геномах. Дж. Мол. Эвол. 2000 г.; 50:249–257. [PubMed] [Google Scholar]
10.
Тушон М., Николай С., Аудит Б., Броди из Броди Э. Б., Обентон-Карафа Ю., Арнеодо А., Термес С. Асимметрия нитей, связанная с репликацией, в геномах млекопитающих: к обнаружению источников репликации. проц. Натл. акад. науч. США, 2005 г.; 102:9836–9841. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
11.
Броди из Броди Э.Б., Николай С., Тушон М., Аудит Б., Обентон-Карафа Ю., Термес С., Арнеодо А. От анализа последовательности ДНК к моделированию репликации в геноме человека. физ. Преподобный Летт. 2005 г.; 94:248103. [PubMed] [Google Scholar]
12.
Ювет М., Николай С., Тушон М., Аудит Б., д’Обентон-Карафа Ю., Арнеодо А., Термес С. Организация генов человека, обусловленная координацией репликации и транскрипции. Геном Res. 2007 г.; 17: 1278–1285. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
13.
Гильбо Г., Раппай А., Бейкер А., Чен К.Л., Арнеодо А., Голдар А., д’Обентон-Карафа Ю., Термес С., Аудит Б., Хириен О. Доказательства последовательной и возрастающей активации репликации происхождения вдоль градиентов времени репликации в геноме человека.
PLoS-компьютер. биол. 2011 г.; 7:e1002322. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
14.
Бейкер А., Аудит Б., Чен С.Л., Муандро Б., Лелеу А., Гильбо Г., Раппил А., Вайан С., Голдар А., Монгелард Ф. и др.. Градиенты полярности репликационной вилки, выявленные мегабазой. домены времени репликации U-образной формы в клеточных линиях человека. PLoS-компьютер. биол. 2012 г.; 8:e1002443. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
15.
Петрик Н., Кали М., д’Обентон-Карафа Ю., Ящишин Ю., Шен Ю., Сильвен М., Термес С., Чен С.Л., Хириен О. Ландшафт репликации генома человека. Нац. коммун. 2016; 7:10208. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
16.
Чжао П.А., Сасаки Т., Гилберт Д.М. Repli-seq с высоким разрешением определяет временную хореографию инициации, удлинения и прекращения репликации в клетках млекопитающих. Геном биол. 2020; 21:76. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
17.
Ван В., Кляйн К.Н., Проесманс К., Ян Х., Маршал С.
, Чжу С., Боррман Т., Хасти А., Венг З., Беххофер Дж. и др. Полногеномное картирование репликации ДНК человека с помощью картирования оптической репликации поддерживает стохастическую модель эукариотической репликации. Мол. Клетка. 2021; 81:2975–2988. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
18.
Кайру К., Куломб П., Виньерон А., Станойчич С., Ганье О., Пайффер И., Ривальс Э., Пюи А., Лоран-Шабалье С., Деспрат Р. и др.. Геномный анализ Происхождение репликации многоклеточных животных показывает их организацию в специфических, но гибких сайтах, определяемых консервативными признаками. Геном Res. 2011 г.; 21:1438–1449. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
19.
Беснард Э., Баблед А., Лапассе Л., Милаве О., Парринелло Х., Дантек С., Марин Дж. М., Леметр Дж. М. Раскрытие специфичных для типа клеток и репрограммируемых сигнатур происхождения репликации человека, связанных с консенсусными мотивами G-квадруплекса. Нац. Структура Мол. биол. 2012 г.; 19: 837–844.
[PubMed] [Google Scholar]
20.
Кайру К., Баллестер Б., Пайффер И., Фенуил Р., Куломб П., Андрау Дж. К., ван Хелден Дж., Мечали М. Окружение хроматина формирует организацию начала репликации ДНК и определяет классы происхождения. Геном Res. 2015 г.; 25: 1873–1885. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
21.
Пророк П., Артуфель М., Азе А., Куломб П., Пайффер И., Лакруа Л., Геден А., Мергни Дж.Л., Дамашке Дж., Шеперс А. и др.. Вовлечение областей G-квадруплекса у млекопитающих активность источника репликации. Нац. коммун. 2019; 10:3274. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
22.
Валтон А.Л., Хассан-Заде В., Лема И., Боггетто Н., Альберти П., Сентоме К., Риу Ж.Ф., Приоло М.Н. Мотивы G4 влияют на позиционирование источника и эффективность двух репликаторов позвоночных. EMBO J. 2014; 33:732–746. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
23.
Лэнгли А.Р., Граф С., Смит Дж.К., Круде Т. Полногеномная идентификация и характеристика источников репликации ДНК человека путем секвенирования сайта инициации (ini-seq).
Нуклеиновые Кислоты Res. 2016; 44:10230–10247. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
24.
Круде Т. Инициация репликации ДНК человека in vitro с использованием ядер клеток, остановленных в компетентном к инициации состоянии. Дж. Биол. хим. 2000 г.; 275:13699–13707. [PubMed] [Google Scholar]
25.
Келлер С., Хириен О., Книпперс Р., Круде Т. Сайт-специфичная и контролируемая во времени инициация репликации ДНК в бесклеточной системе человека. Нуклеиновые Кислоты Res. 2002 г.; 30:2114–2123. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
26.
Мезельсон М., Шталь Ф.В. Репликация ДНК в кишечной палочке. проц. Натл. акад. науч. США 1958; 44:671–682. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
27.
Акерман И., Касааи Б., Базарова А., Санг П.Б., Пайффер И., Артуфель М., Дерелле Р., Смит Г., Родригес-Мартинес М., Романо М. и др. Предсказуемый консервативный состав оснований ДНК подпись определяет происхождение репликации основной ДНК человека. Нац.
коммун. 2020; 11:4826. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
28.
Krude T. Мимозин останавливает пролиферацию клеток человека до начала репликации ДНК дозозависимым образом. Эксп. Клетка. Рез. 1999; 247:148–159. [PubMed] [Google Scholar]
29.
Лангмид Б., Зальцберг С.Л. Быстрое выравнивание с промежутками чтения с бабочкой 2. Nat. Методы. 2012 г.; 9: 357–359. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
30.
Ли Х., Хэндсакер Б., Высокер А., Феннелл Т., Руан Дж., Гомер Н., Март Г., Абекасис Г., Дурбин Р.1000, G.P.D.P.S. Формат выравнивания/карты последовательностей и SAMtools. Биоинформатика. 2009 г.; 25:2078–2079. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
31.
Робинсон Дж. Т., Торвальдсдоттир Х., Винклер В., Гуттман М., Ландер Э. С., Гетц Г., Месиров Дж. П. Программа просмотра интегративной геномики. Нац. Биотехнолог. 2011 г.; 29: 24–26. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
32.
Куинлан А.Р., Холл И.М. BEDTools: гибкий набор утилит для сравнения геномных признаков.
Биоинформатика. 2010 г.; 26:841–842. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
33.
Вольпе М., Миралто М., Густинич С., Санжес Р. ClusterScan: простая и универсальная идентификация геномных кластеров. Биоинформатика. 2018; 34:3921–3923. [PubMed] [Google Scholar]
34.
Рамирес Ф., Райан Д.П., Грюнинг Б., Бхардвадж В., Килперт Ф., Рихтер А.С., Хейн С., Дюндар Ф., Манке Т. DeepTools2: веб-сервер нового поколения для глубокого анализа данных. Нуклеиновые Кислоты Res. 2016; 44:W160–W165. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
35.
Гель Б., Диес-Вильянуэва А., Серра Э., Бушбек М., Пейнадо М.А., Малинверни Р. Регион R: пакет R/Bioconductor для ассоциативного анализа геномных регионов на основе тестов перестановки. Биоинформатика. 2016; 32:289–291. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
36.
Пажес Х., Абойн П., Джентльмен Р., Деброй С..
2021; Biostrings: Эффективное управление биологическими строками Пакет R версии 2.60.2.
37.
Консорциум проекта ENCODE Интегрированная энциклопедия элементов ДНК в геноме человека. Природа. 2012 г.; 489: 57–74. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
38.
Сер Р.З., Донохью Д.Э., Мудунури У.С., Темиз Н.А., Лосс М.А., Старнер Н.Дж., Халуса Г.Н., Вольфовский Н., Йи М., Люк Б.Т. и др.. Non-B DB v2.0: база данных предсказанных не-B ДНК-образующих мотивов и связанных с ней инструментов. Нуклеиновые Кислоты Res. 2013; 41:D94–D100. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
39.
Кун М. Построение прогностических моделей в r с использованием пакета Caret. Дж. Статист. ПО 2008 г.; 28:1–26. [Академия Google]
40.
Меснер Л.Д., Вальсакумар В., Чеслик М., Пикин Р., Хэмлин Дж.Л., Бекиранов С. Анализ генома человека с помощью Bubble-seq выявляет различные опосредованные хроматином механизмы регуляции раннего и позднего происхождения. Геном Res. 2013; 23: 1774–1788. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
41.
Ривера-Мулия Дж. К., Бакли К.
, Сасаки Т., Циммерман Дж., Дидье Р. А., Назор К., Лоринг Дж. Ф., Лиан З., Вайсман С., Робинс А. Дж. и др.. Динамические изменения времени репликации и экспрессии генов во время спецификации линии плюрипотентных стволовых клеток человека. Геном Res. 2015 г.; 25:1091–1103. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
42.
Ву Х., Кабалане Х., Кали М., Петрик Н., Лаперруаз Б., Ящишин Ю., Дриллон Г., Николини Ф.Е., Перо Г., Роберт А. и др.. Пластичность ДНК, связанная с развитием и раком репликация преимущественно нацелена на GC-бедные, слабо экспрессированные и поздно реплицирующиеся области. Нуклеиновые Кислоты Res. 2018; 46:10157–10172. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
43.
Мархейнеке К., Хириен О., Круде Т. Визуализация двунаправленной инициации репликации хромосомной ДНК в бесклеточной системе человека. Нуклеиновые Кислоты Res. 2005 г.; 33:6931–6941. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
44.
Шибальский В. Использование сульфата цезия для центрифугирования в градиенте равновесной плотности.
Методы в энзимологии 12. 1968; Эльзевир; 330–360. [Google Scholar]
45.
Круде Т., Книпперс Р. Сборка нуклеосом во время синтеза комплементарной цепи ДНК в экстрактах клеток млекопитающих. Дж. Биол. хим. 1993 год; 268:14432–14442. [PubMed] [Google Scholar]
46.
Круде Т., Книпперс Р. Репликация минихромосом in vitro: ингибирование повторной репликации репликативно собранными нуклеосомами. Дж. Биол. хим. 1994; 269:21021–21029. [PubMed] [Google Scholar]
47.
Келлер С., Ладенбургер Э.М., Кремер М., Книпперс Р. Комплекс распознавания начала маркирует начало репликации в промоторе гена TOP1 человека. Дж. Биол. хим. 2002 г.; 277:31430–31440. [PubMed] [Google Scholar]
48.
Фэн Дж., Лю Т., Цинь Б., Чжан Ю., Лю С.С. Идентификация обогащения чип-последовательности с использованием MACS. Нац. протокол 2012 г.; 7: 1728–1740. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
49.
Мейер К.А., Лю Х.С. Выявление и устранение предвзятости в методах секвенирования следующего поколения для биологии хроматина.
Нац. Преподобный Жене. 2014; 15:709–721. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
50.
Приоло М.-Н., Гендрон М.-К., Хириен О. Репликация куриного локуса -Globin: происхождение раннего возбуждения в 5′-инсуляторе HS4, а гены — и A-Globin демонстрируют противоположные эпигенетические модификации. Мол. Клетка. биол. 2003 г.; 23:3536–3549. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
51.
Хансен Р.С., Томас С., Сандстром Р., Кэнфилд Т.К., Турман Р.Е., Уивер М., Доршнер М.О., Гартлер С.М., Стаматояннопулос Дж.А. Секвенирование вновь реплицированной ДНК показывает широко распространенную пластичность времени репликации человека. проц. Натл. акад. науч. США, 2010 г.; 107:139–144. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
52.
Кайру С., Куломб П., Пюи А., Риалле С., Каплан Н., Сегал Э., Мечали М. Новый взгляд на характеристики происхождения репликации многоклеточных животных. Клеточный цикл. 2012 г.; 11: 658–667. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
53.